二氧化硅的分散采用THINKY真空脱泡搅拌机进行预先混合。这是一台行星式搅拌机，公转和自传的相结合，可以使得颗粒可以十分均匀地分散在基体中，尤其对于粘度较高的混合物。

具体步骤为：首先将事先计算好质量的二氧化硅颗粒加入到E51树脂中，通过THINKY脱泡搅拌机分散，通过观察没有较大的团聚物出现，可以认为己经分散均匀。纳米颗粒容易形成微观上较大的团聚，这部分团聚肉眼无法分辨，为了打破这些团聚，将上一步已经分散均匀的材料，用三辊研磨机（Exakt80E，Germany）进一步研磨。

研磨工艺如下：

将最后一步得到的混合物作收集保存，由于未加入固化剂，因而可以作为母?料长时间存放而不发生变质。称取一定质量的母料，计算出其中E51树脂的质量，然后按照质量比（E51：HE600＝185：170）加入固化剂HE600，仍然使用脱泡搅拌机搅拌，直至均匀没有块状团聚体出现，即可得到环氧打印墨水。

同类型的二氧化硅颗粒，除了比表面积上存在差别，其表面化学也不尽相同。其中，以A开头型号的二氧化硅颗粒未对表面进行额外的修饰，R106是经八甲基环四硅氧烷（D4）修饰过的疏水型气相二氧化硅，R202则是经过聚二甲基硅氧烷修饰过的疏水型气相二氧化硅，后两者的区别在于修饰硅氧烷前者为短链后者链段相对较长。